La zona della villa destinata a giardino, circa tre ettari, era probabilmente sin dalle origini suddivisa in quattro scomparti verdi scanditi da piante di agrumi in vaso.

La sua espansione e il suo ampliamento si attestano sui due assi principali (sud-nord, est-ovest) lungo i quali si compiono ingenti ed onerosi lavori strutturali, vi vengono collocate le fontane di Galatea e di Nettuno, edificate le serre degli "anenassi" dei "semplici" e degli "agrumi", esteso e potenziato l’impianto di irrigazione e dei giochi d’acqua.

Con il diffondersi, nel XVIII secolo, del gusto d’oltralpe per gli alberi a foglia caduca e con l’introduzione in Lombardia del carpino, nasce la "carpinata". La nuova interpretazione del classico siepone nella Villa di Lainate trova ampia applicazione. Un lungo percorso a U, costituito da un doppio filare di questi alberi con i rami intrecciati e potati a volta, cinge "il giardino degli agrumi" e "l’orto delle Esperidi". Siepi di carpini e bosso formavano un labirinto, oggi scomparso, ed ancora gli stessi, rigidamente potati, creano tuttora il "Teatro di Verzura" destinato a rappresentazioni musicali e teatrali o feste campestri.

La nascente attenzione verso il giardino paesaggistico o all’inglese e la sua forte diffusione agli inizi del XIX secolo consente, nel 1808, all’architetto Luigi Canonica la configurazione del "nuovo boschetto" animato da modesti dislivelli del terreno, con scomparti verdi ad andamento irregolare e con prevalenza di piante ad alto fusto e cespugli.

Ai lati dell’Esedra con la nicchia del gruppo scultoreo in cotto del "Ratto delle Sabine o di Proserpina" trovano collocazione due serre fredde destinate al ricovero invernale degli agrumi e, successivamente, due serre calde per le specie esotiche. Da una descrizione redatta nel 1840 dal botanico Linneo Tagliabue si ha notizia delle grandi varietà di piante a dimora: ananas, banani, caffè, tamarindi, palme, e ancora orchidee, ibisco e gardenie.